การศึกษาด้านสิ่งแวดล้อมของโครงการแบ่งออกเป็น 3 ขั้นตอนหลัก ดังนี้

1. การตรวจสอบด้านสิ่งแวดล้อม (Environmental Checklist) เพื่อการคัดเลือกรูปแบบการคมนาคมขนส่งเพื่อใช้สำหรับรองรับการเดินทาง และขนส่งสินค้าเชื่อมโยงจังหวัดสตูล – รัฐเปอร์ลิส ประเทศมาเลเซีย ในทุกรูปแบบการเดินทาง (Mode of Transportation)
2. การศึกษาผลกระทบสิ่งแวดล้อมเบื้องต้น (IEE) ของแต่ละแนวทางเลือก เพื่อคัดเลือกแนวเส้นทางที่มีความเหมาะสมของโครงการ และปัจจัยผลกระทบทางสิ่งแวดล้อมที่นำไปศึกษาต่อในขั้นรายละเอียด
3. การศึกษาผลกระทบสิ่งแวดล้อมขั้นรายละเอียด (EIA) เพื่อประเมินผลกระทบทางด้านสิ่งแวดล้อมของแนวทางเลือกที่มีความเหมาะสม กำหนดมาตรการป้องกันและแก้ไขผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อม มาตรการติดตามตรวจสอบผลกระทบสิ่งแวดล้อมและแผนการจัดการสิ่งแวดล้อมที่เหมาะสมต่อไป